日本の各界の有力者10名を拉致した誘拐テロ事件が起き、犯行声明から「M」こと正木圭吾（オダギリジョー）が事件の首謀者であることが判明した。人質解放のタイムリミットは明日1日となる中、一號（向井理）の実家の定食屋「まんぷく食堂」に正木が現れ、一號に電話を入れる。動転した一號は「まんぷく」に駆けつけ正木に殴りかかるが、逆にカウンターをくらい気絶してしまう。
「テロリストとは交渉しない」という警察の大前提のもと、SITの捜査員が潜伏先を特定し、蘇我（綾野剛）、嵐（平山祐介）らSAT基地局車両が制圧に向け出動する。中丸（髙嶋政宏）の号令で作戦が開始され、武装したSAT隊員たちは次々に設定したポイントをクリアしていく。蘇我も狙撃ポイントでライフルを構えバックアップするのだが、蘇我はある違和感を覚える…。
時を同じくして、正木は都内のフォーラムで行われている演奏会で、一般の観客たちに交じって演奏に聞き入っていた。美しい旋律が止み、観客たちの拍手が鳴り響くなか、ホールの天井や壁に向けてマシンガンが放たれる。会場での正木たちの動向が動画サイトで、リアルタイム中継されて、取引に応じなかった日本警察への報復のため、1時間後、民間人の人質6名を殺害すると新たな犯行声明を出す。SATが要人救出作戦に出動中のため、警察庁長官官房審議官の天城（菅原大吉）は「確保」を信条とするNPSに対し、正木らの「制圧」を命じる。香椎（大森南朋）は、NPSの生みの親でもあり、『制圧法』制定に向け尽力を尽くす霧山塾の塾頭・霧山（近藤正臣）の罠ではないかと疑うが…
NPSの作戦が開始され、イルマ（新垣結衣）の狙撃が見張りの一人の肩を撃ち抜くと同時に物陰から飛び出す一號、通風窓の枠を外す速田（平山浩行）。潜入班の潜入が成功し、作戦は順調に思われたのだが…
